Em ICO você controla um jovem que, curiosamente, se chama Ico. Ele foi expulso de sua vila por ter dois chifres. ICO encontra em um gigantesco castelo-labirinto onde conhece uma estranha garota (Yorda) que não fala sua língua. O objetivo do jogo é ultrapassar inúmeros obstáculos e trazer a garota consigo. Apesar da barreira linguística, Yorda fala com o rapaz durante o desenrolar da trama, mas sem legendas seu diálogo é incompreensível. Quando você terminar o jogo, é possível fazer tudo de novo com legendas, tornando mais claro o lado dela da história.
Aparentemente, uma feiticeira malvada quer roubar a beleza de Yorda, e ela é a dona desse imenso castelo.
Para escapar desse terrível calabouço, ICO pode levá-la pelo braço ou chamá-la com um assobio. Durante a sua busca pela sobrevivência ICO terá que fazer o seu caminho através de vastos ambientes cheio de quebra-cabeças, e batalhas contra um exército do mal enquanto princesa o segue através da isolada fortaleza.